Międzymózgowie obejmuje podwzgórze, wzgórze i nadwzgórze, zawzgórze, niskowzórze i komorę trzecią.
Podwzgórze położone jest w części dolnej międzymózgowia. Podwzgórze uwypukla się do przodu w postaci guza popielatego a do dołu, jako lejek łączący się z przysadką. Przysadka jest gruczołem dokrewnym odpowiedzialnym za wytwarzanie i wydzielanie hormonów przysadkowych i podwzgórza. Do przodu od guza popielowatego mieści się skrzyżowanie wzrokowe nerwów wzrokowych (n. II).
Wzgórze stanowi ważne skupisko istoty szarej i białej spełniające rolę drogi przewodzenia bodźców czuciowych (dotyku, bólu i temperatury). Od góry wzgórze przykryte jest półkulami mózgu, przyśrodkowo znajduje się komora trzecia, do dołu - podwzgórze.
Zawzgórze jest elementem drogi przewodzenia bodźców wzrokowych i słuchowych. W nadwzgórzu położona jest szyszynka. Szyszynka (łac. glandula pinealis) jest niewielkim gruczołem wewnątrzwydzielniczym regulujący rytm dnia i nocy oraz okresowe zmiany w gonadach. Niskowzgórze reguluje napięcie mięśniowe, płynność i precyzję ruchów.
Komora trzecia jest przestrzenią znajdującą się w pośrodkowej części międzymózgowia. Bocznie komorę ogranicza wzgórze. Do tyłu łączy się z wodociągiem mózgu, a do przodu za pomocą dwóch otworów międzykomorowych komunikuje się z komorami bocznymi leżącymi powyżej i bocznie w stosunku do komory trzeciej. Komora trzecia komunikuje się z jamą podpajęczynówkową i zatokami opony twardej przez trzy otwory: pośrodkowy (Magendiego) i dwa boczne (Luschki). W komorze czwartej znajduje się wiele struktur m.in. jądra nerwów czaszkowych od V do XII.