Podstawową strukturalną i czynnościową jednostką nerki jest nefron. Liczba nefronów w każdej nerce to około 1-1,5 miliona. Każdy nefron składa się z ciałka nerkowego (kłębuszka nerkowego), kanalika proksymalnego (I rzędu), części cienkiej ramienia zstępującego pętli nefronu (Henlego), części cienkiej i grubej ramienia wstępującego pętli nefronu i kanalika dystalnego (II rzędu). Z nefronów mocz odprowadzany jest przez kanaliki zbiorcze przechodzące w przewody brodawkowe.
Występują dwa rodzaje nefronów: nefrony korowe stanowiące większość wszystkich nefronów (80%) oraz nefrony przyrdzeniowe. W przypadku nefronów korowych ciałka nerkowe umiejscowione są w obwodowej części kory, a ich pętle są krótkie. Nefrony przyrdzeniowe mają ciałka nerkowe położone przyrdzeniowo, a pętlę wnikają w głąb rdzenia.